A atuação da Ecossistema, abrangeu até 2013: 17 APA`s, 5 parques (estaduais ou municipais), 2 Parques Municipais, 1 Reserva Biológica e 2 RPPN`s, sem contar várias áreas naturais que não se encontram mantidas como Unidades de Conservação, como a Ilha do Caju (no estado do Maranhão) e as grutas de São Miguel (em Bonito, Mato Grosso do Sul).

Para embasar o regime especial de administração das unidades de conservação e outras áreas naturais, normalmente se efetua um planejamento. O planejamento é um processo já consolidado para apoiar o manejo dessas áreas e sua demanda é reflexo de especificidades de contexto e de administração de cada unidade, o que está diretamente relacionado com a categoria de manejo.

Como resultado central do planejamento, que é focado no contexto e nas possibilidades de ação em determinada área, o Plano de Manejo define um zoneamento, programas específicos de ação e normas de uso, atendendo a certas prioridades e almejando um cenário favorável à unidade.

Geralmente, os Planos de Manejo priorizam ações que neutralizem ameaças aos recursos e/ou promovam um aproveitamento racional de recursos. A Lei Federal nº 9.985, de 18 de julho 2000, que instituiu o Sistema Nacional de Unidades de Conservação, define que todas as unidades de conservação devem dispor de um Plano de Manejo para nortear sua implementação.

As etapas de planejamento variam cada área silvestre, devido a uma série de fatores (categoria de manejo, contexto, necessidades, etc.).

De início, há uma preparação para o processo acontecer, quando é selecionada uma equipe de técnicos e especialistas qualificados, para atender às demandas específicas daquela Unidade de Conservação. A partir de um reconhecimento dos objetivos específicos da unidade, inicia-se a compilação de informações secundárias, o que ajuda a delinear os levantamentos de campo. Promove-se então uma série de levantamentos de campo na unidade, com métodos apropriados frente às lacunas de conhecimento; em muitos casos, utilizando-se do método de Avaliação Ecológica Rápida, desenvolvido pela ONG The Nature Conservancy e que já foi aplicado em inúmeras áreas protegidas de todo o mundo.

Quando se incorpora as informações de campo à base já formada, identifica-se e definem-se as ameaças, restrições e oportunidades para o manejo. Isto permite consolidar os objetivos específicos da área, o que é relevante para a definição do zoneamento, da infraestrutura necessária e dos programas de manejo (proteção, recuperação de áreas, visitação, uso de recursos, por exemplo). Todas as propostas são definidas em um cronograma físico-financeiro, para facilitar sua execução.

Uma versão preliminar do plano de manejo é encaminhada para análise pelo responsável e, em certos casos, é necessária a realização de consultas públicas, que também costumam levar a ajustes no documento.

Por fim, o plano é aprovado pelo órgão competente, quando se torna o principal instrumento administrativo e operacional da unidade de conservação. O planejamento de uma área geralmente leva de 1 a 2 anos, até a aprovação final do plano pelo órgão ambiental, mas o que varia também em função das necessidades de informação e das particularidades de cada área.