Os critérios para o estabelecimento da relevância das cavidades naturais subterrâneas são estabelecidos pela Instrução Normativa n°2 de 20 de agosto de 2009. Em seu escopo são abordadas as características e variáveis que devem ser observadas para a definição do grau de relevância em alto, médio ou baixo, bem como o nível de expressividade da relevância entre local, regional e nacional.

As características observadas para a definição do grau de relevância das cavidades, conforme o Art° 3 da referida IN, são:

I - gênese única ou rara;
II - morfologia única;
III - dimensões notáveis em extensão, área ou volume;
IV - espeleotemas únicos;
V - isolamento geográfico;
VI - abrigo essencial para a preservação de populações geneticamente viáveis de espécies animais em risco de extinção, constantes de listas oficiais;
VII - habitat essencial para preservação de populações geneticamente viáveis de espécies de troglóbios endêmicos ou relíctos;
VIII - habitat de troglóbio raro;
IX - interações ecológicas únicas;
X - cavidade testemunho; ou
XI - destacada relevância histórico-cultural ou religiosa.